人理継続保障機関・カルデア。人類最後のマスター、藤丸立香とそのサーヴァントであるマシュ・キリエライトは、魔術王が成した「人理焼却」により失われた未来を取り戻すため、六つの時代と地域を旅してきた。
そして今、最後の特異点修復のため、二人は古代メソポタミアへと踏み込む。
神々が日常的に存在しているその地に着くなり、圧倒的な数の魔獣に襲われてしまう二人。あわやという時に空から現れたのは、見目麗しい一人の少女だった。