過労により永遠の眠りについたギルガメッシュ…。
動揺が走る藤丸一行。しかしギルガメッシュ王のみならず、ウルク市民の衰弱死も増えているという報告をシドゥリから受ける。
そこで、三女神同盟の一柱“冥府の女主人”がその原因であると推察した一行は、イシュタルとともに冥界に向かい、女神を倒しギルガメッシュの魂を解放することに――。